泉源：周锡玮：没有人会理日本菲律宾作者： 林柏燕：

探索Bio AI「o1时刻」：百奥几何的三年微观天下模子演进

底层依赖外洋开源模子举行微调，，，，，实质上是在别人的地基上修修补补。。。。。。

作者丨周蕾

编辑丨岑峰

1965年，，，，，戈登·摩尔提出了那条著名的摩尔定律，，，，，即半导体算力约莫每两年翻一倍。。。。。。这条曲线向上走了半个多世纪，，，，，数字天下因此天翻地覆。。。。。。

2012年，，，，，反摩尔定律被提出，，，，，它在医药领域意味着这样一种逆境：每投入十亿美元，，，，，获批的新药数目每九年减半。。。。。。一条曲线向上，，，，，一条曲线向下，，，，，两条线背道而驰了六十多年。。。。。。

六十多年里，，，，，新药研发越来越难，，，，，古板工具链支离破碎，，，，，大都团队只能拿着开源模子做局部修补。。。。。。与此同时，，，，，AI先后完成了数字天下和物理天下的重构。。。。。。现在，，，，，它来到了最难的生命天下。。。。。。而百奥几何，，，，，正是这个路口上走得最远的一家。。。。。。

克日，，，，，百奥几何完成数亿元战略融资。。。。。。比起融资额巨细或是投资方配景，，，，，这笔钱的重点在于，，，，，它确认了一个拐点：当行业还在应用层寻找增量时，，，，，这家AI Native公司已经用三年时间，，，，，完成了从团队搭建、底层大模子研发到商业闭环的验证。。。。。。

从原子层面重新设计生命，，，，，不再是论文里的远期设想，，，，，而是正在爆发的工程化现实。。。。。。

从数字、物理到生命AI：AI的第三条蹊径

正如人们所熟知的那样，，，，，人工智能正在沿着数条清晰的主线重构天下。。。。。。

第一条是数字AI，，，，，以大语言模子和多模态模子为代表，，，，，正在重塑人类的信息与知识天下。。。。。。第二条是物理AI，，，，，以自动驾驶和人形机械人为代表，，，，，正在重塑人类的物理与机械天下。。。。。。

而第三条是生命AI，，，，，它不止于信息处理或机械控制，，，，，而是要深入明确生命的底层语言，，，，，在原子级精度上实现对生命的工程化刷新——这或许是三条线里最难的一条。。。。。。卵白质、抗体、酶等生物大分子的设计空间近乎无限，，，，，但生命的底层数据是三维图结构，，，，，古板的序列建；；蛲枷袷侗鹇呒薹ㄖ苯忧ㄡ。。。。。。

百奥几何首创人唐建博士很早就注重到了这个差别。。。。。。2022年接受雷峰网AI科技谈论采访时他指出，，，，，生物医药领域获得实验数据极其难题，，，，，往往本钱腾贵且周期漫长，，，，，这导致AI必需在少少样本的条件下学习。。。。。。这种数据稀缺性，，，，，让生命AI的迭代逻辑与数字AI截然差别。。。。。。

数据稀缺性带来的直接挑战，，，，，最终都体现在了工业端的本钱与效率上。。。。。。生物医药行业对此感受最深。。。。。。如前文提到的反摩尔定律所示，，，，，行业内面临着“研发本钱一连攀升、产出效率却在下降”的逆境。。。。。。一位切入AI制药底层模子的从业者向AI科技谈论指出，，，，，已往大都创业公司将管线卖给药企，，，，，看似找到了商业模式，，，，，实则陷入古板biotech的老路——被同化、利润薄、易受甲方价钱控制。。。。。。这种路径依赖说明，，，，，只做应用层的局部增效，，，，，无法突破行业的结构性逆境。。。。。。

比商业模式逆境更深层的，，，，，是工具链自己的割裂。。。。。。AlphaFold能展望卵白质结构，，，，，但设计新分子往往需要切换到其他工具；；展望结构、设计序列、实验验证，，，，，每一步使用差别的平台和逻辑，，，，，误差逐级放大。。。。。。而海内大都“AI+Bio”团队，，，，，底层依赖外洋开源模子举行微调，，，，，实质上是在别人的地基上修修补补。。。。。。面临难成药靶点和重大抗体设计这类硬问题，，，，，应用层的修补很快触及天花板。。。。。。

唐建以为，，，，，这背后尚有一个更基础的工业逻辑。。。。。。大模子可以“模子即产品”，，，，，靠基模能力卖token就能赚钱；；但生物医药是垂类，，，，，“模子再准也执偾锤子，，，，，得找到好的钉子。。。。。。”这意味着生命AI的终局竞争，，，，，不但看基模性能，，，，，更看能否把模子放进详细应用场景，，，，，与干湿实验形成闭环。。。。。。一个团队必需同时明确算法、生物和工业的语言，，，，，把结构展望、序列天生、成药性评价与湿实验反馈整合成闭环。。。。。。只有这样，，，，，才华从底层重构研发范式，，，，，从“明确生命”跃迁到“设计生命”。。。。。。

当数字AI和物理AI的基础设施已经成型，，，，，生命天下仍在期待属于自己的操作系统。。。。。。而决议未来几十年新药研发效率的底层战场，，，，，已悄然开启。。。。。。

从学术直觉到工业收敛：一个AI Native团队的三年

百奥几何的首创人唐建，，，，，在十多年前就做出了一个奇异判断，，，，，与眼下BioAI的希望形成了草蛇灰线。。。。。。

2013-2014年左右，，，，，深度学习的大潮涌向图像识别和自然语言处理，，，，，但唐建专程转向了图结构数据这个深度学习尚未涉及的问题。。。。。。在他看来，，，，，社交网络和知识图谱虽然是热门偏向，，，，，但生物制药才具备杀手级的应用潜力——卵白质、抗体、酶等生命分子的底层数据，，，，，自然就是三维图结构。。。。。。

这个判断带有对数据结构与应用场景匹配的底层直觉，，，，，以后十年，，，，，唐建的研究事情也沿着这一判断继续向前航行。。。。。。从密歇根大学到加拿大AI之父Yoshua Bengio教授建设的Mila实验室，，，，，他成为该机构最早举行生命科学研究的教授，，，，，图结构深度学习论文LINE在WWW聚会上被引用超七千次，，，，，学术上的积累也为厥后的创业提供了详细的坐标。。。。。。

2022年，，，，，大分子AI制药工具TorchProtein开源。。。。。。经由一年的思索，，，，，唐建以为该往前再走一步。。。。。。“希望能够更进一步，，，，，使研究效果不但仅局限于论文的形式。。。。。。”他告诉我们，，，，，其时学术界还没有相似的平台，，，，，他决议把积累整合成一个通用工具。。。。。。这个想法很质朴：让厥后的研究者可以直接使用，，，，，而不必重复造轮子。。。。。。

降低门槛的思绪，，，，，厥后延续到了百奥几何。。。。。。2023年3月，，，，，百奥几何正式运营。。。。。。

但创业初期，，，，，焦点团队险些全是盘算机配景，，，，，AI与生物学之间的“语言鸿沟”成了第一道必需跨越的墙。。。。。。生物领域的人才普遍资深，，，，，早期对AI通常是张望甚至质疑的态度，，，，，“生物的人，，，，，除非你做出药来才会相信你。。。。。。”唐建感伤，，，，，跟他们相同，，，，，讲AI多厉害没用，，，，，必需形成行业认知，，，，，说清晰AI怎么解决行业痛点，，，，，拿出足够重大的详细乐成案例，，，，，才华建设信任。。。。。。

这种跨学科磨合一连了数年。。。。。。百奥几何自建了两套湿实验平台，，，，，划分对应抗体药和合成生物学。。。。。。“模子底层一样，，，，，但差别应用场景需要的生物职员专业知识画像完全差别。。。。。。”这种跨学科磨合远非易事——AI团队与生物团队的文化气氛、治理方式差别重大，，，，，直接拉长了行业的迭代周期。。。。。。

手艺蹊径也曾走过弯路。。。。。。百奥几何建设之初的愿景就是实现抗体重新设计，，，，，但手艺始终未抵达最佳预期，，，，，因此2024年至2025年底时代，，，，，团队将重心转向合成生物学，，，，，甚至实验自建工厂走重资产蹊径。。。。。。但工厂侧的认知更多从制造业的头脑出发，，，，，难以与AI研发团队告竣共识，，，，，这次相助最终未能顺遂落地，，，，，这也一度影响了公司的融资节奏。。。。。。

唐建向雷峰网AI科技谈论坦言，，，，，2025年底，，，，，百奥几何正式做了战略收敛，，，，，研发聚焦立异药主航道，，，，，合成生物学领域则接纳相助分成形式。。。。。。此番战略回调之后，，，，，轻装上阵，，，，，抗体手艺率先突破，，，，，公司回到准确轨道。。。。。。

支持这些突破的底层模子，，，，，也在统一时期快速迭代。。。。。。从2024年6月宣布的GeoFlow V1最先，，，，，百奥几何的底层模子能力快速迭代。。。。。。V1主要做抗原抗体复合物结构展望，，，，，对标AlphaFold 3；；V2在国际上首先提出用一个模子同时做复合物结构展望和重新天生，，，，，将“明确”与“天生”统一；；V3引入大模子推理阶段的多步推理，，，，，提升了抗体重新设计的乐成率。。。。。。现在V4正在研发，，，，，建模标准从单个分子拓展至细胞水平的分子系统。。。。。。

AI科技谈论相识到，，，，，百奥几何也是海内最早突破抗体重新设计的团队。。。。。。其底层手艺蹊径与外洋头部公司类似，，，，，都基于diffusion model，，，，，但差别化在于V2提出的统一模子思绪——用一个模子同时完成结构展望和de novo design。。。。。。这一思绪同样泛起在Chai Discovery和Boltz等模子中。。。。。。

与英伟达的相助也一连多年。。。。。。唐建在Mila时代向导团队开发了针对小分子和卵白的开源机械学习平台TorchDrug与TorchProtein，，，，，其中TorchProtein即是与英伟达、英特尔、IBM等团队配合完成。。。。。。近期相助进一步加深，，，，，英伟达General AI团队注重到AI for Science特殊是卵白质设计的潜力，，，，，双方在手艺层面最先更细密的协作。。。。。。唐建也加入了部分事情，，，，，包括在搜索阶段增添算力、使用test time compute提高设计乐成率。。。。。。这些手艺探索被应用到GeoFlow V2到V3的迭代中，，，，，使百奥几何在底层手艺层面始终与外洋头部团队坚持同步。。。。。。

三年时间，，，，，百奥几何完成了从学术工具到工业基础设施的跃迁。。。。。。但这只是验证了手艺可行性，，，，，真正的磨练在于，，，，，这些底层能力能否在工业端重新界说研发流程。。。。。。

从分子到系统：基模能力的工业验证

底层模子跑通之后，，，，，真正的磨练是工业交付。。。。。。百奥几何也制订了两个重点战略偏向：抗体药物开发和合成生物学里的酶设计。。。。。。

抗体重新设计是百奥几何最先突破的硬骨头。。。。。。针对一个难成药靶点设计高特异性连系抗体，，，，，古板方式需要从动物免疫或自然库中筛选，，，，，但靶点所在的卵白家族里，，，，，其他成员与目的靶点只差两个氨基酸，，，，，很难找到不脱靶的分子。。。。。。“我们通过GeoFlow做了精准建模设计，，，，，乐成找到了几个抗体，，，，，能够跟靶点连系得很好，，，，，同时跟另外的靶点不连系。。。。。。”他透露，，，，，相关分子现在正在往IND阶段推进。。。。。。

疫苗设计的希望则更迅速。。。。。。2025年，，，，，百奥几何相助开发疫苗，，，，，难点在于设计一种卵白，，，，，使其能够高效自组装为稳固的二聚体。。。。。。实验数据显示，，，，，自然卵白里这种二聚体比例缺乏10%，，，，，而百奥几何介入后，，，，，直接提升至90%以上。。。。。。现在相关疫苗已乐成转让给下游药企，，，，，正式步入工业化阶段。。。。。。

合成生物学方面，，，，，龙脑提供了一个差别的验证场景。。。。。。这种中药活性因素已往只能从樟科植物提取。。。。。。植物里的龙脑含量极低，，，，，是自然进化凑巧爆发的副产品，，，，，一株植物往往要种一两年才华采收。。。。。。百奥几何通过GeoFlow重新设计了一种酶，，，，，把它导入微生物，，，，，让发酵罐里的微生物主要生产龙脑，，，，，而不再是微量副产品。。。。。。这样一来，，，，，本钱降到植物提取的十分之一，，，，，且不再受季节和莳植周限期制。。。。。。相关手艺也已在工厂完成中试放大，，，，，现在正与下游相助方洽谈生产。。。。。。

从抗体到疫苗再到酶，，，，，三个案例的落点各不相同，，，，，但底层逻辑一致：AI重新界说了流程自己。。。。。。

古板方式拿到先导分子，，，，，需要通过动物免疫筛选再优化，，，，，周期长达9~12个月。。。。。。现在，，，，，百奥几何的做法是跳过动物免疫，，，，，直接从盘算端天生候选分子，，，，，靶点交付周期能大幅缩短，，，，，短则一个月，，，，，长则三个月——更实质的转变是乐成率：有些难成药靶点，，，，，古板动物免疫基础做不出来，，，，，盘算端却能给出可行方案。。。。。。

管线验证只是起点。。。。。。唐建以为，，，，，这个领域真正的恒久壁垒在数据端。。。。。。接下来百奥几何将搭建自动化实验室——现有湿实验室之外，，，，，自动化平台能爆发更大通量的数据，，，，，把干湿实验的迭代效率再提一档。。。。。。

他的愿景是模子能够自我进化，，，，，形成一套自主进化、自主执行的系统，，，，，类似Claude设计下一代系统的偏向。。。。。。叠加自动化实验室之后，，，，，就能做自主的科学探索，，，，，好比在药物研发里做靶点的自主发明、分子的自主设计验证。。。。。。

这指向一个更大的行业判断。。。。。。在唐建看来，，，，，大模子的生长早已为AI制药的演变路径给出了清晰预演：“在大模子生态中，，，，，我们已经看到一个残酷的现实——随着前沿基模在架构与通用能力上的一连进化，，，，，其一直外延的能力界线，，，，，正在直接‘蚕食’大宗缺乏焦点壁垒的下游应用。。。。。。”正因云云，，，，，在垂类基模领域，，，，，Isomorphic、Chai Discovery、百奥几何等头部团队都选择了闭源——模子自己就是焦点竞争力。。。。。。未来两三年，，，，，行业将泛起明确分化：不具备基模训练能力的团队，，，，，会逐渐失去对 AI 制药下一阶段游戏规则的界说权。。。。。。

百奥几何的界线也在随之扩展。。。。。。GeoFlow V4正在把建模标准从单个分子推向细胞水平的分子系统。。。。。。从抗体、疫苗到酶工程，，，，，从药物发明到合成生物学，，，，，底层能力一旦验证，，，，，天花板就不再是简单管线，，，，，而是生命工程的基础设施自己。。。。。。

被命名为Moore和Eroom的两条曲线，，，，，仍在运行。。。。。。百奥几何正在两者之间撕开一道口子——跳出“为旧流程加速”的局部修补，，，，，转向底层重构，，，，，从原子层面重新设计流程。。。。。。

从抗体、疫苗到合成生物学，，，，，从GeoFlow V1到V4，，，，，底层模子的能力界线一直扩展，，，，，唐建的判断也始终如一：行业终局由基模层的底层操作系统界说，，，，，应用层的微调无法改变名堂。。。。。。

现在，，，，，生命天下正在等来属于自己的操作系统。。。。。。而百奥几何，，，，，已经和Isomorphic、Chai Discovery一起，，，，，站在了界说这套系统的最前排。。。。。。BioAI时代刚刚开启，，，，，底层基础设施的搭建者已经先行一步。。。。。。